เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 1914 เวลา 11 นาฬิกา 15 นาที อาร์ชดยุกฟรันทซ์ แฟร์ดีนันท์และดัชเชสโซฟี พระชายาทรงถูกลอบปลงพระชนม์ที่เมืองซาราเยโว นครหลวงของประเทศบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาซึ่งขณะนั้น ยังเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการี ทั้งสองพระองค์ถูกลอบปลงพระชนม์โดยกัฟรีโล ปรินซีป หนึ่งในสมาชิกกลุ่มแบล็คแฮนด์ (Црна рука/Tsrna Ruka) ซึ่งการลอบปลงพระชนม์ครั้งนี้นำไปสู่สงครามโลกครั้งที่หนึ่ง โดยก่อนหน้านี้ ทั้งสองพระองค์ทรงเกือบถูกโจมตีโดยระเบิดที่หนึ่งในสมาชิกกลุ่มแบล็คแฮนด์ได้ขว้างมา แต่โชคดีที่ระเบิดพลาดไป แต่พลเมืองก็ได้รับบาดเจ็บ ทั้งสองพระองค์จึงเสด็จเยี่ยมพลเมืองที่ได้รับบาดเจ็บในครั้งนี้ แต่ในขณะที่ทั้งสองพระองค์กำลังเสด็จไปเยี่ยมผู้ปะสบภัยที่โรงพยาบาลนั้น นายปรินซีปได้เห็นทั้งสองพระองค์ จึงวิ่งพรวดเข้าไปหาราชรถแล้วยิงไปที่ดัชเชสโซฟีโดยทันที จากนั้นก็ยิงอาร์ชดยุกอีกหลายนัดเข้าที่พระองค์ทันที ท่ามกลางทหารและประชาชนทั้งหมื่นคนที่มารอเฝ้ารับเสด็จ การลอบปลงพระชนม์ครั้งนี้ถูกเชื่อมโยงไปถึงลัทธิชาตินิยม ลัทธิจักรวรรดินิยม ทหารและระบบสหพันธ์ ทำให้เกิดสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง โดยเริ่มขึ้นหลังจากการลอบปลงพระชนม์เพียง 2 เดือนโดยออสเตรีย-ฮังการีได้ประกาศสงครามกับเซอร์เบีย

พระศพอาร์ชดยุกฟรันทซ์ เฟอร์ดินานด์และดัชเชสโซฟีถูกฝังไว้ที่ปราสาทอาร์ทสเต็ทเท็น ซึ่งเป็นพระราชฐานของราชสกุลโฮเอินแบร์ค จักรวรรดิออสเตรีย